El Santuario del Señor de los Rayos es de cantera blanca, morada y ocre. En primer plano tiene una espaciosa plaza central, separada del atrio por un enverjado de cantera, rematado con pilastras coronadas por almenas.
La fachada frontal de la iglesia es sencilla, con una portada de dos arcos de medio punto. En el centro del arco menor está la puerta de entrada al recinto y sobre él el arco mayor, en cuya parte superior aparece la inscripción: "AGREGADA A LA BASÍLICA LATERANENSE", haciendo alusión a la basílica de San Juan de Letrán, en Roma. En ambos lados de la portada se levantan campanarios simétricos de forma cuadrangular, con ventanales, al cuatro por cada cara, y remates chapitelados.
La cúpula, por su parte, cuenta con un tambor de vitrales, rodeado de columnas de cantera que sostienen un friso terminado con elegantes almenas. El cimborrio está acabado con la tradicional linternilla, con su cupulino que remata en la cruz respectiva.
El interior del santuario es suntuoso, con labrados de filigrana en la cantera. La cúpula corona la nave del templo, dividiéndolo en dos cruceros y presbiterio, para dar la forma de Cruz Latina, propia de las construcciones de la época.
El altar mayor tiene un diseño muy original enmarcado por el retablo compuesto de un ancho círculo de cantera.
El altar en sí es sencillo. Consta de la mesa y dos gradas que llevan al frente el mismo adorno de cornucopias, como se ve en la hornacina del crucifijo. A los dos costados, hay sendos ángeles de mármol en actitud de franca adoración.
En el muro del fondo aparecen dos puertas en forma de abanicos que dan acceso a la sacristía.
Observar a los feligreses en sus actos de piedad constituye todo un acontecimiento. Además, resulta interesante visitar el Salón de los Retablos del santuario, en donde se exhiben auténticas obras de arte realizadas en diversas técnicas: fresco, grabado, lápiz, óleo, pirograbado, etc., y sobre materiales tan variados como lienzo, madera, papel, piedra o vidrio.
Todas estas manifestaciones artísticas fueron concebidas como prueba de agradecimiento a un milagro concedido.
Estas obras son de autores mexicanos y chicanos. Sin duda los retablos más interesantes son los hechos por los “aprendices” quienes, utilizan de una manera muy particular el idioma y la ortografía, como aquel que dice “Doll gracias al Sr. De los Rayos por aberme alibiado a mi hijo de un paralis infantil. Jerez, Zac. Enero de 1959”.
